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グイドとバサラの強引な誘いにより、司令官奪還作戦に協力することになったカイと三四郎。しかし敵の罠によって作戦は失敗に終わってしまう。戦いと混乱の中、カイは精神に重大な傷を受けて意識を失ったまま戦場を後にした。一方三四郎は、拘束されたグイドを救おうとするサーシャと共に基地に残り、密かに作戦の準備を進めていたが…。カイは目覚めるのか！？離ればなれになった二人は再び出会えるのか！？『青の軌跡』シリーズ第１２弾。

サマル中継基地に潜入していた三四郎は、「心の死」を乗り越えたカイと再会し、司令官奪還作戦を決行する。しかし、幾多の障害を乗り越えてグイドを救いだし、司令官の救出に向かった二人の前にさらなる困難が！！絶体絶命の状況の中、残酷な決断を迫られたカイと三四郎が取った行動とは！？そして全てが終わった後、彼らを待ち受けていたものは?。『青の軌跡』シリーズ、堂々の完結。

宇宙を航行中の惑星探査船ジュール＝ベルヌは、漂流船を発見する。クルーの三四郎とカイが、内部の探索を開始するが、謎のメッセージを残し、漂流船は爆発してしまう。疑念を抱きつつも、日常の仕事に戻るクルー達。そんな中、三四郎はただ一人、不審な動きをとりはじめる…。謎のメッセージは何を意味するのか。ジュール＝ベルヌに最大の危機が訪れようとしていた。

逃れられない状況に追い込まれ、バサラとグイドに協力することになった三四郎とカイは、司令官奪還作戦に参加することになった。しかし、三四郎はカイが自分に同行することを強固に反対する。納得のいかないカイは三四郎の反対を強引に押し切った。準備が整えられる中、彼らは以前出会ったサーシャの変貌に驚く。何が彼を変えたのか！？そして、三四郎が危惧するカイの致命的な欠陥とは！？『青の軌跡』シリーズ第１１弾。